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Yogesh K Gupta

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  • 2024

    AI is a viable alternative to high throughput screening: a 318-target study

    Wallach, I., Bernard, D., Nguyen, K., Ho, G., Morrison, A., Stecula, A., Rosnik, A., O’Sullivan, A. M., Davtyan, A., Samudio, B., Thomas, B., Worley, B., Butler, B., Laggner, C., Thayer, D., Moharreri, E., Friedland, G., Truong, H., van den Bedem, H. & Ng, H. L. y 668 otros, Stafford, K., Sarangapani, K., Giesler, K., Ngo, L., Mysinger, M., Ahmed, M., Anthis, N. J., Henriksen, N., Gniewek, P., Eckert, S., de Oliveira, S., Suterwala, S., PrasadPrasad, S. V. K., Shek, S., Contreras, S., Hare, S., Palazzo, T., O’Brien, T. E., Van Grack, T., Williams, T., Chern, T. R., Kenyon, V., Lee, A. H., Cann, A. B., Bergman, B., Anderson, B. M., Cox, B. D., Warrington, J. M., Sorenson, J. M., Goldenberg, J. M., Young, M. A., DeHaan, N., Pemberton, R. P., Schroedl, S., Abramyan, T. M., Gupta, T., Mysore, V., Presser, A. G., Ferrando, A. A., Andricopulo, A. D., Ghosh, A., Ayachi, A. G., Mushtaq, A., Shaqra, A. M., Toh, A. K. L., Smrcka, A. V., Ciccia, A., de Oliveira, A. 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W., Hermle, T., Ogunwa, T. H., Lan, T., Su, T., Banjo, T., O’Mara, T. A., Chou, T., Chou, T. F., Baumann, U., Desai, U. R., Pai, V. P., Thai, V. C., Tandon, V., Banerji, V., Robinson, V. L., Gunasekharan, V., Namasivayam, V., Segers, V. F. M., Maranda, V., Dolce, V., Maltarollo, V. G., Scoffone, V. C., Woods, V. A., Ronchi, V. P., Van Hung Le, V., Clayton, W. B., Lowther, W. T., Houry, W. A., Li, W., Tang, W., Zhang, W., Van Voorhis, W. C., Donaldson, W. A., Hahn, W. C., Kerr, W. G., Gerwick, W. H., Bradshaw, W. J., Foong, W. E., Blanchet, X., Wu, X., Lu, X., Qi, X., Xu, X., Yu, X., Qin, X., Wang, X., Yuan, X., Zhang, X., Zhang, Y. J., Hu, Y., Aldhamen, Y. A., Chen, Y., Li, Y., Sun, Y., Zhu, Y., Gupta, Y. K., Pérez-Pertejo, Y., Li, Y., Tang, Y., He, Y., Tse-Dinh, Y. C., Sidorova, Y. A., Yen, Y., Li, Y., Frangos, Z. J., Chung, Z., Su, Z., Wang, Z., Zhang, Z., Liu, Z., Inde, Z., Artía, Z. & Heifets, A., dic 2024, En: Scientific reports. 14, 1, 7526.

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    Acceso abierto

  • Targeting S6K/NFκB/SQSTM1/Polθ signaling to suppress radiation resistance in prostate cancer

    Clark, A., Villarreal, M. R., Huang, S. B., Jayamohan, S., Rivas, P., Hussain, S. S., Ybarra, M., Osmulski, P., Gaczynska, M. E., Shim, E. Y., Smith, T., Gupta, Y. K., Yang, X., Delma, C. R., Natarajan, M., Lai, Z., Wang, L. J., Michalek, J. E., Higginson, D. S. & Ikeno, Y. y 4 otros, Ha, C. S., Chen, Y., Ghosh, R. & Kumar, A. P., ago 10 2024, En: Cancer Letters. 597, 217063.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
  • 2023

    EEPD1 promotes repair of oxidatively-stressed replication forks

    Jaiswal, A. S., Kim, H. S., Schärer, O. D., Sharma, N., Williamson, E. A., Srinivasan, G., Phillips, L., Kong, K., Arya, S., Misra, A., Dutta, A., Gupta, Y., Walter, C. A., Burma, S., Narayan, S., Sung, P., Nickoloff, J. A. & Hromas, R., mar 1 2023, En: NAR Cancer. 5, 1, zcac044.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    5 Citas (Scopus)

  • Identification of In Vitro Inhibitors of Monkeypox Replication

    Chiem, K., Nogales, A., Lorenzo, M., Vasquez, D. M., Xiang, Y., Gupta, Y. K., Blasco, R., de la Torre, J. C. & Martínez-Sobrido, L., ago 2023, En: Microbiology Spectrum. 11, 4

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    2 Citas (Scopus)

  • SRSF2 plays an unexpected role as reader of m5C on mRNA, linking epitranscriptomics to cancer

    Ma, H. L., Bizet, M., Soares Da Costa, C., Murisier, F., de Bony, E. J., Wang, M. K., Yoshimi, A., Lin, K. T., Riching, K. M., Wang, X., Beckman, J. I., Arya, S., Droin, N., Calonne, E., Hassabi, B., Zhang, Q. Y., Li, A., Putmans, P., Malbec, L. & Hubert, C. y 10 otros, Lan, J., Mies, F., Yang, Y., Solary, E., Daniels, D. L., Gupta, Y. K., Deplus, R., Abdel-Wahab, O., Yang, Y. G. & Fuks, F., dic 7 2023, En: Molecular Cell. 83, 23, p. 4239-4254.e10

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    7 Citas (Scopus)

  • TATDN2 resolution of R-loops is required for survival of BRCA1-mutant cancer cells

    Jaiswal, A. S., Dutta, A., Srinivasan, G., Yuan, Y., Zhou, D., Shaheen, M., Sadideen, D. T., Kirby, A., Williamson, E. A., Gupta, Y. K., Olsen, S. K., Xu, M., Loranc, E., Mukhopadhyay, P., Pertsemlidis, A., Bishop, A. J. R., Sung, P., Nickoloff, J. A. & Hromas, R., dic 11 2023, En: Nucleic acids research. 51, 22, p. 12224-12241 18 p.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    3 Citas (Scopus)
  • 2022

    M6A RNA Methylation Regulates Histone Ubiquitination to Support Cancer Growth and Progression

    Yadav, P., Subbarayalu, P., Medina, D., Nirzhor, S., Timilsina, S., Rajamanickam, S., Eedunuri, V. K., Gupta, Y., Zheng, S., Abdelfattah, N., Huang, Y., Vadlamudi, R., Hromas, R., Meltzer, P., Houghton, P., Chen, Y. & Rao, M. K., may 15 2022, En: Cancer Research. 82, 10, p. 1872-1889 18 p.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    40 Citas (Scopus)

  • RNA binding to human METTL3-METTL14 restricts N6-deoxyadenosine methylation of 3 DNA in vitro

    Qi, S., Mota, J., Chan, S. H., Villarreal, J., Dai, N., Arya, S., Hromas, R. A., Rao, M. K., Corrêa, I. R. & Gupta, Y. K., ene 2022, En: eLife. 11, e67150.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    12 Citas (Scopus)

  • Targeting aberrant replication and DNA repair events for treating breast cancers

    Rajamanickam, S., Park, J. H., Subbarayalu, P., Timilsina, S., Bates, K., Yadav, P., Nirzhor, S. S. R., Eedunuri, V., Mohammad, T. A., Jung, K. H., Onyeagucha, B., Abdelfattah, N., Benevides, R., Lee, G., Chen, Y., Vadlamudi, R., Brenner, A., Kaklamani, V., Jatoi, I. & Kuhn, J. y 5 otros, Hromas, R., Gupta, Y. K., Kaipparettu, B. A., Arbiser, J. L. & Rao, M. K., dic 2022, En: Communications Biology. 5, 1, 493.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    1 Cita (Scopus)
  • 2021

    A metal ion orients SARS-CoV-2 mRNA to ensure accurate 2′-O methylation of its first nucleotide

    Viswanathan, T., Misra, A., Chan, S. H., Qi, S., Dai, N., Arya, S., Martinez-Sobrido, L. & Gupta, Y. K., dic 1 2021, En: Nature communications. 12, 1, 3287.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    23 Citas (Scopus)

  • Structural basis of DNA synthesis opposite 8-oxoguanine by human PrimPol primase-polymerase

    Rechkoblit, O., Johnson, R. E., Gupta, Y. K., Prakash, L., Prakash, S. & Aggarwal, A. K., dic 1 2021, En: Nature communications. 12, 1, 4020.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    17 Citas (Scopus)
  • 2020

    Structural basis of RNA cap modification by SARS-CoV-2

    Viswanathan, T., Arya, S., Chan, S. H., Qi, S., Dai, N., Misra, A., Park, J. G., Oladunni, F., Kovalskyy, D., Hromas, R. A., Martinez-Sobrido, L. & Gupta, Y. K., dic 1 2020, En: Nature communications. 11, 1, 3718.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    161 Citas (Scopus)

  • The RNA-binding protein SERBP1 functions as a novel oncogenic factor in glioblastoma by bridging cancer metabolism and epigenetic regulation

    Kosti, A., De Araujo, P. R., Li, W. Q., Guardia, G. D. A., Chiou, J., Yi, C., Ray, D., Meliso, F., Li, Y. M., Delambre, T., Qiao, M., Burns, S. S., Lorbeer, F. K., Georgi, F., Flosbach, M., Klinnert, S., Jenseit, A., Lei, X., Sandoval, C. R. & Ha, K. y 11 otros, Zheng, H., Pandey, R., Gruslova, A., Gupta, Y. K., Brenner, A., Kokovay, E., Hughes, T. R., Morris, Q. D., Galante, P. A. F., Tiziani, S. & Penalva, L. O. F., ago 6 2020, En: Genome biology. 21, 1, 195.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    59 Citas (Scopus)
  • 2018

    Cross-talk among writers, readers, and erasers of m6A regulates cancer growth and progression

    Panneerdoss, S., Eedunuri, V. K., Yadav, P., Timilsina, S., Rajamanickam, S., Viswanadhapalli, S., Abdelfattah, N., Onyeagucha, B. C., Cui, X., Lai, Z., Mohammad, T. A., Gupta, Y. K., Huang, T. H. M., Huang, Y., Chen, Y. & Rao, M. K., oct 3 2018, En: Science Advances. 4, 10, eaar8263.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    245 Citas (Scopus)

  • Luteolin inhibits Musashi1 binding to RNA and disrupts cancer phenotypes in glioblastoma cells

    Yi, C., Li, G., Ivanov, D. N., Wang, Z., Velasco, M. X., Hernández, G., Kaundal, S., Villarreal, J., Gupta, Y. K., Qiao, M., Hubert, C. G., Hart, M. J. & Penalva, L. O. F., nov 2 2018, En: RNA biology. 15, 11, p. 1420-1432 13 p.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    40 Citas (Scopus)
  • 2016

    A Small Molecule RAS-Mimetic Disrupts RAS Association with Effector Proteins to Block Signaling

    Athuluri-Divakar, S. K., Vasquez-Del Carpio, R., Dutta, K., Baker, S. J., Cosenza, S. C., Basu, I., Gupta, Y. K., Reddy, M. V. R., Ueno, L., Hart, J. R., Vogt, P. K., Mulholland, D., Guha, C., Aggarwal, A. K. & Reddy, E. P., abr 21 2016, En: Cell. 165, 3, p. 643-655 13 p.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    214 Citas (Scopus)

  • Structure and mechanism of human PrimPol, a DNA polymerase with primase activity

    Rechkoblit, O., Gupta, Y. K., Malik, R., Rajashankar, K. R., Johnson, R. E., Prakash, L., Prakash, S. & Aggarwal, A. K., oct 2016, En: Science Advances. 2, 10, e1601317.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    64 Citas (Scopus)

  • Structure of Type IIL Restriction-Modification Enzyme MmeI in Complex with DNA Has Implications for Engineering New Specificities

    Callahan, S. J., Luyten, Y. A., Gupta, Y. K., Wilson, G. G., Roberts, R. J., Morgan, R. D. & Aggarwal, A. K., abr 15 2016, En: PLoS biology. 14, 4, e1002442.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    22 Citas (Scopus)
  • 2015

    Expression and purification of a single-chain Type IV restriction enzyme Eco94GmrSD and determination of its substrate preference

    He, X., Hull, V., Thomas, J. A., Fu, X., Gidwani, S., Gupta, Y. K., Black, L. W. & Xu, S. Y., may 19 2015, En: Scientific reports. 5, 9747.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    21 Citas (Scopus)

  • Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate clusters the cell adhesion molecule CD44 and assembles a specific CD44-Ezrin heterocomplex, as revealed by small angle neutron scattering

    Chen, X., Khajeh, J. A., Ju, J. H., Gupta, Y. K., Stanley, C. B., Do, C., Heller, W. T., Aggarwal, A. K., Callaway, D. J. E. & Bu, Z., mar 6 2015, En: Journal of Biological Chemistry. 290, 10, p. 6639-6652 14 p.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    28 Citas (Scopus)

  • Structural basis of asymmetric DNA methylation and ATP-triggered long-range diffusion by EcoP15I

    Gupta, Y. K., Chan, S. H., Xu, S. Y. & Aggarwal, A. K., jun 12 2015, En: Nature communications. 6, 7363.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    43 Citas (Scopus)
  • 2014

    An Inhibitor of PIDDosome Formation

    Thompson, R., Shah, R. B., Liu, P. H., Gupta, Y. K., Ando, K., Aggarwal, A. K. & Sidi, S., sept 18 2014, En: Molecular Cell. 58, 5, p. 767-779 13 p.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    24 Citas (Scopus)

  • Bisphosphonates inactivate human EGFRs to exert antitumor actions

    Yuen, T., Stachnik, A., Iqbal, J., Sgobba, M., Gupta, Y., Lu, P., Colaianni, G., Ji, Y., Zhu, L. L., Kim, S. M., Li, J., Liu, P., Izadmehr, S., Sangodkar, J., Bailey, J., Latif, Y., Mujtaba, S., Epstein, S., Davies, T. F. & Bian, Z. y 7 otros, Zallone, A., Aggarwal, A. K., Haider, S., New, M. I., Sun, L., Narla, G. & Zaidi, M., dic 16 2014, En: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 50, p. 17989-17994 6 p.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    56 Citas (Scopus)

  • Repurposing of bisphosphonates for the prevention and therapy of nonsmall cell lung and breast cancer

    Stachnik, A., Yuen, T., Iqbal, J., Sgobba, M., Gupta, Y., Lu, P., Colaianni, G., Ji, Y., Zhu, L. L., Kim, S. M., Li, J., Liu, P., Izadmehr, S., Sangodkar, J., Scherer, T., Mujtaba, S., Galsky, M., Gomez, J., Epstein, S. & Buettner, C. y 8 otros, Bian, Z., Zallone, A., Aggarwal, A. K., Haider, S., New, M. I., Sun, L., Narla, G. & Zaidi, M., dic 16 2014, En: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 50, p. 17995-18000 6 p.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    49 Citas (Scopus)
  • 2013

    Anthrax SET protein: A potential virulence determinant that epigenetically represses Nf-κB activation in infected macrophages

    Mujtaba, S., Winer, B. Y., Jaganathan, A., Patel, J., Sgobba, M., Schuch, R., Gupta, Y. K., Haider, S., Wang, R. & Fischetti, V. A., ago 9 2013, En: Journal of Biological Chemistry. 288, 32, p. 23458-23472 15 p.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    43 Citas (Scopus)

  • Natural zinc ribbon HNH endonucleases and engineered zinc finger nicking endonuclease

    Xu, S. Y. & Gupta, Y. K., ene 2013, En: Nucleic acids research. 41, 1, p. 378-390 13 p.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    34 Citas (Scopus)
  • 2012

    Characterization of type II and III restriction-modification systems from Bacillus cereus strains ATCC 10987 and ATCC 14579

    Xu, S. Y., Nugent, R. L., Ksmkttil, J., Fomenkov, A., Gupta, Y., Aggarwal, A., Wang, X., Li, Z., Zheng, Y. & Morgan, R., ene 2012, En: Journal of bacteriology. 194, 1, p. 49-60 12 p.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    Acceso abierto
    24 Citas (Scopus)

  • Structural insights into the assembly and shape of type III restriction-modification (R-M) EcoP15I complex by small-angle X-ray scattering

    Gupta, Y. K., Yang, L., Chan, S. H., Samuelson, J. C., Xu, S. Y. & Aggarwal, A. K., jul 20 2012, En: Journal of Molecular Biology. 420, 4-5, p. 261-268 8 p.

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    Acceso abierto
    9 Citas (Scopus)
  • 2009

    Co-occupancy of two Pumilio molecules on a single hunchback NRE

    Gupta, Y. K., Lee, T. H., Edwards, T. A., Escalante, C. R., Kadyrova, L. Y., Wharton, R. P. & Aggarwal, A. K., jun 2009, En: RNA. 15, 6, p. 1029-1035 7 p.

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    Acceso abierto
    22 Citas (Scopus)
  • 2008

    Structures of Human Pumilio with Noncognate RNAs Reveal Molecular Mechanisms for Binding Promiscuity

    Gupta, Y. K., Nair, D. T., Wharton, R. P. & Aggarwal, A. K., abr 8 2008, En: Structure. 16, 4, p. 549-557 9 p.

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    Acceso abierto
    57 Citas (Scopus)
  • 2007

    Paramagnetism-based NMR restraints provide maximum allowed probabilities for the different conformations of partially independent protein domains

    Bertini, I., Gupta, Y. K., Luchinat, C., Parigi, G., Peana, M., Sgheri, L. & Yuan, J., oct 24 2007, En: Journal of the American Chemical Society. 129, 42, p. 12786-12794 9 p.

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    120 Citas (Scopus)
  • 2006

    Solution structure of the Vts1 SAM domain in the presence of RNA

    Edwards, T. A., Butterwick, J. A., Zeng, L., Gupta, Y. K., Wang, X., Wharton, R. P., Palmer, A. G. & Aggarwal, A. K., mar 10 2006, En: Journal of Molecular Biology. 356, 5, p. 1065-1072 8 p.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    15 Citas (Scopus)
  • 2005

    NMR spectroscopic detection of protein protons and longitudinal relaxation rates between 0.01 and 50 MHz

    Bertini, I., Gupta, Y. K., Luchinat, C., Parigi, G., Schlörb, C. & Schwalbe, H., abr 8 2005, En: Angewandte Chemie - International Edition. 44, 15, p. 2223-2225 3 p.

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    30 Citas (Scopus)
  • 2004

    Paramagnetism-Based Refinement Strategy for the Solution Structure of Human α-Parvalbumin

    Baig, I., Bertini, I., Del Bianco, C., Gupta, Y. K., Lee, Y. M., Luchinat, C. & Quattrone, A., may 11 2004, En: Biochemistry. 43, 18, p. 5562-5573 12 p.

    Producción científica: Article › revisión exhaustiva

    30 Citas (Scopus)