Department of Molecular Medicine

2023

Canagliflozin retards age-related lesions in heart, kidney, liver, and adrenal gland in genetically heterogenous male mice

Snyder, J. M., Casey, K. M., Galecki, A., Harrison, D. E., Jayarathne, H., Kumar, N., Macchiarini, F., Rosenthal, N., Sadagurski, M., Salmon, A. B., Strong, R., Miller, R. A. & Ladiges, W., feb 2023, En: GeroScience. 45, 1, p. 385-397 13 p.

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1 Cita (Scopus)

DNA binding and RAD51 engagement by the BRCA2 C-terminus orchestrate DNA repair and replication fork preservation

Kwon, Y., Rösner, H., Zhao, W., Selemenakis, P., He, Z., Kawale, A. S., Katz, J. N., Rogers, C. M., Neal, F. E., Badamchi Shabestari, A., Petrosius, V., Singh, A. K., Joel, M. Z., Lu, L., Holloway, S. P., Burma, S., Mukherjee, B., Hromas, R., Mazin, A., Wiese, C., y 2 otrosSørensen, C. S. & Sung, P., dic 2023, En: Nature communications. 14, 1, 432.

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Sensitization to Ionizing Radiation by MEK Inhibition Is Dependent on SNAI2 in Fusion-Negative Rhabdomyosarcoma

Hensch, N. R., Bondra, K., Wang, L., Sreenivas, P., Zhao, X. R., Modi, P., Vaseva, A. V., Houghton, P. J. & Ignatius, M. S., ene 3 2023, En: Molecular cancer therapeutics. 22, 1, p. 123-134 12 p.

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2022

2-Hydroxyglutarate destabilizes chromatin regulatory landscape and lineage fidelity to promote cellular heterogeneity

Kusi, M., Zand, M., Lin, L. L., Chen, M., Lopez, A., Lin, C. L., Wang, C. M., Lucio, N. D., Kirma, N. B., Ruan, J., Huang, T. H. M. & Mitsuya, K., ene 11 2022, En: Cell Reports. 38, 2, 110220.

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4 Citas (Scopus)

Aberrant R-loop-induced replication stress in MED12-mutant uterine fibroids

Muralimanoharan, S., Shamby, R., Stansbury, N., Schenken, R., de la Pena Avalos, B., Javanmardi, S., Dray, E., Sung, P. & Boyer, T. G., dic 2022, En: Scientific reports. 12, 1, 6169.

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1 Cita (Scopus)

Activation of CD81⁺ skin ILC2s by cold-sensing TRPM8⁺ neuron-derived signals maintains cutaneous thermal homeostasis

Xu, M., Li, C., Yang, J., Ye, A., Yan, L., Yeoh, B. S., Shi, L., Kim, Y. S., Kang, J., Vijay-Kumar, M. & Xiong, N., may 2022, En: Science Immunology. 7, 72, eabe0584.

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2 Citas (Scopus)

A First-in-Class Inhibitor of ER Coregulator PELP1 Targets ER^þ Breast Cancer

Altwegg, K. A., Viswanadhapalli, S., Mann, M., Chakravarty, D., Krishnan, S., Liu, Z., Liu, J., Pratap, U. P., Ebrahimi, B., Sanchez, J. R., Li, X., Ma, S., Park, B. H., Santhamma, B., Chen, Y., Lai, Z., Raj, G. V., Yuan, Y., Zhou, D., Sareddy, G. R., y 6 otrosTekmal, R. R., McHardy, S., Huang, T. H. M., Rao, M. K., Vankayalapati, H. & Vadlamudi, R. K., oct 15 2022, En: Cancer Research. 82, 20, p. 3830-3844 15 p.

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Autistic-like behavior and cerebellar dysfunction in Bmal1 mutant mice ameliorated by mTORC1 inhibition

Liu, D., Nanclares, C., Simbriger, K., Fang, K., Lorsung, E., Le, N., Amorim, I. S., Chalkiadaki, K., Pathak, S. S., Li, J., Gewirtz, J. C., Jin, V. X., Kofuji, P., Araque, A., Orr, H. T., Gkogkas, C. G. & Cao, R., 2022, (Accepted/In press) En: Molecular psychiatry.

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9 Citas (Scopus)

Cas13d knockdown of lung protease Ctsl prevents and treats SARS-CoV-2 infection

Cui, Z., Zeng, C., Huang, F., Yuan, F., Yan, J., Zhao, Y., Zhou, Y., Hankey, W., Jin, V. X., Huang, J., Staats, H. F., Everitt, J. I., Sempowski, G. D., Wang, H., Dong, Y., Liu, S. L. & Wang, Q., 2022, (Accepted/In press) En: Nature Chemical Biology.

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2 Citas (Scopus)

CCL27 is a crucial regulator of immune homeostasis of the skin and mucosal tissues

Davila, M. L., Xu, M., Huang, C., Gaddes, E. R., Winter, L., Cantorna, M. T., Wang, Y. & Xiong, N., jun 17 2022, En: iScience. 25, 6, 104426.

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CDK8 and CDK19 regulate intestinal differentiation and homeostasis via the chromatin remodeling complex SWI/SNF

Dannappel, M. V., Zhu, D., Sun, X., Chua, H. K., Poppelaars, M., Suehiro, M., Khadka, S., Sian, T. C. C. L. K., Sooraj, D., Loi, M., Gao, H., Croagh, D., Daly, R. J., Faridi, P., Boyer, T. G. & Firestein, R., oct 17 2022, En: Journal of Clinical Investigation. 132, 20, e158593.

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2 Citas (Scopus)

Cellular junction and mesenchymal factors delineate an endometriosis-specific response of endometrial stromal cells to the mesothelium

Lin, L. L., Makwana, S., Chen, M., Wang, C. M., Gillette, L. H., Huang, T. H., Burney, R. O., Nicholson, B. J. & Kirma, N. B., ene 1 2022, En: Molecular and Cellular Endocrinology. 539, 111481.

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1 Cita (Scopus)

Construction and Evaluation of Robust Interpretation Models for Breast Cancer Metastasis Prediction

Adnan, N., Zand, M., Huang, T. H. M. & Ruan, J., 2022, En: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 19, 3, p. 1344-1353 10 p.

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2 Citas (Scopus)

Deadenylase-dependent mRNA decay of GDF15 and FGF21 orchestrates food intake and energy expenditure

Katsumura, S., Siddiqui, N., Goldsmith, M. R., Cheah, J. H., Fujikawa, T., Minegishi, G., Yamagata, A., Yabuki, Y., Kobayashi, K., Shirouzu, M., Inagaki, T., Huang, T. H. M., Musi, N., Topisirovic, I., Larsson, O. & Morita, M., abr 5 2022, En: Cell Metabolism. 34, 4, p. 564-580.e8

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8 Citas (Scopus)

Design, Synthesis, and Biological Evaluation of 5,6,7,8-Tetrahydrobenzo[4,5]thieno[2,3-d]pyrimidines as Microtubule Targeting Agents

Islam, F., Doshi, A., Robles, A. J., Quadery, T. M., Zhang, X., Zhou, X., Hamel, E., Mooberry, S. L. & Gangjee, A., ene 1 2022, En: Molecules. 27, 1, 321.

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Differential regulation of CD8⁺CD86⁺ Vγ1.1⁺ γδT cell responses in skin barrier tissue protection and homeostatic maintenance

Li, C., Lin, Y. D., Wang, W. B., Xu, M., Zhang, N. & Xiong, N., sept 2022, En: European Journal of Immunology. 52, 9, p. 1498-1509 12 p.

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Dissecting the Balance Between Metabolic and Oncogenic Functions of Astrocyte-Elevated Gene-1/Metadherin

Rajesh, Y., Reghupaty, S. C., Mendoza, R. G., Manna, D., Banerjee, I., Subler, M. A., Weldon, K., Lai, Z., Giashuddin, S., Fisher, P. B., Sanyal, A. J., Martin, R. K., Dozmorov, M. G., Windle, J. J. & Sarkar, D., mar 2022, En: Hepatology Communications. 6, 3, p. 561-575 15 p.

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1 Cita (Scopus)

Effects of yoga in men with prostate cancer on quality of life and immune response: a pilot randomized controlled trial

Kaushik, D., Shah, P. K., Mukherjee, N., Ji, N., Dursun, F., Kumar, A. P., Thompson, I. M., Mansour, A. M., Jha, R., Yang, X., Wang, H., Darby, N., Ricardo Rivero, J., Svatek, R. S. & Liss, M. A., sept 2022, En: Prostate Cancer and Prostatic Diseases. 25, 3, p. 531-538 8 p.

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6 Citas (Scopus)

Gemcitabine resistance of pancreatic cancer cells is mediated by IGF1R dependent upregulation of CD44 expression and isoform switching

Chen, C., Zhao, S., Zhao, X., Cao, L., Karnad, A., Kumar, A. P. & Freeman, J. W., ago 2022, En: Cell Death and Disease. 13, 8, 682.

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1 Cita (Scopus)

Genetic and pharmacologic proteasome augmentation ameliorates Alzheimer's-like pathology in mouse and fly APP overexpression models

Chocron, E. S., Munkácsy, E., Kim, H. S., Karpowicz, P., Jiang, N., Van Skike, C. E., DeRosa, N., Banh, A. Q., Palavicini, J. P., Wityk, P., Kalinowski, L., Galvan, V., Osmulski, P. A., Jankowska, E., Gaczynska, M. & Pickering, A. M., jun 10 2022, En: Science Advances. 8, 23, p. eabk2252

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3 Citas (Scopus)

GLI3 Is Stabilized by SPOP Mutations and Promotes Castration Resistance via Functional Cooperation with Androgen Receptor in Prostate Cancer

Burleson, M., Deng, J. J., Qin, T., Duong, T. M., Yan, Y., Gu, X., Das, D., Easley, A., Liss, M. A., Renee Yew, P., Bedolla, R., Kumar, A. P., Hui-Ming Huang, T., Zou, Y., Chen, Y., Chen, C. L., Huang, H., Sun, L. Z. & Boyer, T. G., ene 2022, En: Molecular Cancer Research. 20, 1, p. 62-76 15 p.

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4 Citas (Scopus)

Global Genomic and Proteomic Analysis Identified Critical Pathways Modulated by Proto-Oncogene PELP1 in TNBC

Liu, Z., Altwegg, K. A., Liu, J., Weintraub, S. T., Chen, Y., Lai, Z., Sareddy, G. R., Viswanadhapalli, S. & Vadlamudi, R. K., feb 1 2022, En: Cancers. 14, 4, 930.

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2 Citas (Scopus)

Global profiling reveals common and distinct N6-methyladenosine (m6A) regulation of innate immune responses during bacterial and viral infections

Feng, J., Zhang, T., Sorel, O., Meng, W., Zhang, X., Lai, Z., Yuan, W., Chen, Y., Huang, Y. & Gao, S. J., mar 2022, En: Cell Death and Disease. 13, 3, 234.

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5 Citas (Scopus)

Haploinsufficiency of a Circadian Clock Gene Bmal1 (Arntl or Mop3) Causes Brain-Wide mTOR Hyperactivation and Autism-like Behavioral Phenotypes in Mice

Singla, R., Mishra, A., Lin, H., Lorsung, E., Le, N., Tin, S., Jin, V. X. & Cao, R., jun 1 2022, En: International journal of molecular sciences. 23, 11, 6317.

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4 Citas (Scopus)

HiCImpute: A Bayesian hierarchical model for identifying structural zeros and enhancing single cell Hi-C data

Xie, Q., Han, C., Jin, V. & Lin, S., jun 2022, En: PLoS computational biology. 18, 6, e1010129.

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1 Cita (Scopus)

HOTTIP-dependent R-loop formation regulates CTCF boundary activity and TAD integrity in leukemia

Luo, H., Zhu, G., Eshelman, M. A., Fung, T. K., Lai, Q., Wang, F., Zeisig, B. B., Lesperance, J., Ma, X., Chen, S., Cesari, N., Cogle, C., Chen, B., Xu, B., Yang, F. C., So, C. W. E., Qiu, Y., Xu, M. & Huang, S., feb 17 2022, En: Molecular Cell. 82, 4, p. 833-851.e11

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12 Citas (Scopus)

Inhibition of EZH2 transactivation function sensitizes solid tumors to genotoxic stress

Liao, Y., Chen, C. H., Xiao, T., de la Peña Avalos, B., Dray, E. V., Cai, C., Gao, S., Shah, N., Zhang, Z., Feit, A., Xue, P., Liu, Z., Yang, M., Lee, J. H., Xu, H., Li, W., Mei, S., Pierre, R. S., Shu, S., Fei, T., y 10 otrosDuarte, M., Zhao, J., Bradner, J. E., Polyak, K., Kantoff, P. W., Long, H., Balk, S. P., Liu, X. S., Brown, M. & Xu, K., ene 18 2022, En: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 119, 3, e2105898119.

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7 Citas (Scopus)

Integrin alpha 6 is upregulated and drives hepatocellular carcinoma progression through integrin α6β4 complex

Zheng, G., Bouamar, H., Cserhati, M., Zeballos, C. R., Mehta, I., Zare, H., Broome, L., Hu, R., Lai, Z., Chen, Y., Sharkey, F. E., Rani, M., Halff, G. A., Cigarroa, F. G. & Sun, L. Z., sept 15 2022, En: International Journal of Cancer. 151, 6, p. 930-943 14 p.

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KLRF1, a novel marker of CD56^bright NK cells, predicts improved survival for patients with locally advanced bladder cancer

Mukherjee, N., Ji, N., Tan, X., Chen, C., Noel, O. D. V., Rodriguez-Padron, M., Lin, C. L., Alonzo, D. G., Huang, T. H. & Svatek, R. S., 2022, (Accepted/In press) En: Cancer Medicine.

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LKB1 phosphorylation and deactivation in lung cancer by NNAL, a metabolite of tobacco-specific carcinogen, in an isomer-dependent manner

Bian, T., Wang, Y., Botello, J. F., Hu, Q., Jiang, Y., Zingone, A., Ding, H., Wu, Y., Zahra Aly, F., Salloum, R. G., Warren, G., Huo, Z., Ryan, B. M., Jin, L. & Xing, C., ago 12 2022, En: Oncogene. 41, 33, p. 4042-4054 13 p.

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1 Cita (Scopus)

Matrix-bound Cyr61/CCN1 is required to retain the properties of the bone marrow mesenchymal stem cell niche but is depleted with aging

Marinkovic, M., Dai, Q., Gonzalez, A. O., Tran, O. N., Block, T. J., Harris, S. E., Salmon, A. B., Yeh, C. K., Dean, D. D. & Chen, X. D., ago 2022, En: Matrix Biology. 111, p. 108-132 25 p.

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Melanoma differentiation associated gene-9/syndecan binding protein promotes hepatocellular carcinoma

Manna, D., Reghupaty, S. C., Camarena, M. D. C., Mendoza, R. G., Subler, M. A., Koblinski, J. E., Martin, R., Dozmorov, M. G., Mukhopadhyay, N. D., Liu, J., Qu, X., Das, S. K., Lai, Z., Windle, J. J., Fisher, P. B. & Sarkar, D., 2022, (Accepted/In press) En: Hepatology.

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Metabolic benefits of methionine restriction in adult mice do not require functional methionine sulfoxide reductase A (MsrA)

Thyne, K. M. & Salmon, A. B., dic 2022, En: Scientific reports. 12, 1, 5073.

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PEGylated talazoparib enhances therapeutic window of its combination with temozolomide in Ewing sarcoma

Del Pozo, V., Robles, A. J., Fontaine, S. D., Liu, Q., Michalek, J. E., Houghton, P. J. & Kurmasheva, R. T., feb 18 2022, En: iScience. 25, 2, 103725.

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2 Citas (Scopus)

Phosphorylated MED1 links transcription recycling and cancer growth

Chen, Z., Ye, Z., Soccio, R. E., Nakadai, T., Hankey, W., Zhao, Y., Huang, F., Yuan, F., Wang, H., Cui, Z., Sunkel, B., Wu, D., Dzeng, R. K., Thomas-Ahner, J. M., Huang, T. H. M., Clinton, S. K., Huang, J., Lazar, M. A., Jin, V. X., Roeder, R. G., y 1 otrosWang, Q., may 6 2022, En: Nucleic acids research. 50, 8, p. 4450-4463 14 p.

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Acceso abierto

Poroptosis: A form of cell death depending on plasma membrane nanopores formation

Li, H., Wang, Z., Fang, X., Zeng, W., Yang, Y., Jin, L., Wei, X., Qin, Y., Wang, C. & Liang, W., jun 17 2022, En: iScience. 25, 6, 104481.

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1 Cita (Scopus)

RAD51AP1 and RAD54L Can Underpin Two Distinct RAD51-Dependent Routes of DNA Damage Repair via Homologous Recombination

Selemenakis, P., Sharma, N., Uhrig, M. E., Katz, J., Kwon, Y., Sung, P. & Wiese, C., may 16 2022, En: Frontiers in Cell and Developmental Biology. 10, 866601.

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1 Cita (Scopus)

RAD51AP1 regulates ALT-HDR through chromatin-directed homeostasis of TERRA

Kaminski, N., Wondisford, A. R., Kwon, Y., Lynskey, M. L., Bhargava, R., Barroso-González, J., García-Expósito, L., He, B., Xu, M., Mellacheruvu, D., Watkins, S. C., Modesti, M., Miller, K. M., Nesvizhskii, A. I., Zhang, H., Sung, P. & O'Sullivan, R. J., nov 3 2022, En: Molecular Cell. 82, 21, p. 4001-4017.e7

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2 Citas (Scopus)

Reducing Chemotherapy-Induced DNA Damage via nAChR-Mediated Redox Reprograming—A New Mechanism for SCLC Chemoresistance Boosted by Nicotine

Wang, Y., Bian, T., Song, L., Jiang, Y., Huo, Z., Salloum, R. G., Warren, G. W., Kaye, F. J., Fujioka, N., Jin, L. & Xing, C., may 1 2022, En: Cancers. 14, 9, 2272.

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Acceso abierto

2 Citas (Scopus)

Robust Heat Shock Response in Chlamydia Lacking a Typical Heat Shock Sigma Factor

Huang, Y., Wurihan, W., Lu, B., Zou, Y., Wang, Y., Weldon, K., Fondell, J. D., Lai, Z., Wu, X. & Fan, H., ene 3 2022, En: Frontiers in Microbiology. 12, 812448.

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Acceso abierto

1 Cita (Scopus)

SETDB1 interactions with PELP1 contributes to breast cancer endocrine therapy resistance

Liu, Z., Liu, J., Ebrahimi, B., Pratap, U. P., He, Y., Altwegg, K. A., Tang, W., Li, X., Lai, Z., Chen, Y., Shen, L., Sareddy, G. R., Viswanadhapalli, S., Tekmal, R. R., Rao, M. K. & Vadlamudi, R. K., dic 2022, En: Breast Cancer Research. 24, 1, 26.

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3 Citas (Scopus)

Sex-dependent pain trajectories induced by prolactin require an inflammatory response for pain resolution

Mecklenburg, J., Wangzhou, A., Hovhannisyan, A. H., Barba-Escobedo, P., Shein, S. A., Zou, Y., Weldon, K., Lai, Z., Goffin, V., Dussor, G., Tumanov, A. V., Price, T. J. & Akopian, A. N., mar 2022, En: Brain, Behavior, and Immunity. 101, p. 246-263 18 p.

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Short term treatment with a cocktail of rapamycin, acarbose and phenylbutyrate delays aging phenotypes in mice

Jiang, Z., Wang, J., Imai, D., Snider, T., Klug, J., Mangalindan, R., Morton, J., Zhu, L., Salmon, A. B., Wezeman, J., Hu, J., Menon, V., Marka, N., Neidernhofer, L. & Ladiges, W., dic 2022, En: Scientific reports. 12, 1, 7300.

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Acceso abierto

Single-cell RNA profiling identifies diverse cellular responses to EWSR1/FLI1 downregulation in Ewing sarcoma cells

Khoogar, R., Li, F., Chen, Y., Ignatius, M., Lawlor, E. R., Kitagawa, K., Huang, T. H. M., Phelps, D. A. & Houghton, P. J., feb 2022, En: Cellular Oncology. 45, 1, p. 19-40 22 p.

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7 Citas (Scopus)

SIRT1 inhibition-induced senescence as a strategy to prevent prostate cancer progression

Huang, S. B., Rivas, P., Yang, X., Lai, Z., Chen, Y., Schadler, K. L., Hu, M., Reddick, R. L., Ghosh, R. & Kumar, A. P., jul 2022, En: Molecular Carcinogenesis. 61, 7, p. 702-716 15 p.

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2 Citas (Scopus)

SMGR: A joint statistical method for integrative analysis of single-cell multi-omics data

Song, Q., Zhu, X., Jin, L., Chen, M., Zhang, W. & Su, J., sept 1 2022, En: NAR Genomics and Bioinformatics. 4, 3, lqac056.

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9 Citas (Scopus)

Targeting Class I Histone Deacetylases in Human Uterine Leiomyosarcoma

Yang, Q., Falahati, A., Khosh, A., Mohammed, H., Kang, W., Corachán, A., Bariani, M. V., Boyer, T. G. & Al-Hendy, A., dic 2022, En: Cells. 11, 23, 3801.

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The Functional Role and Regulatory Mechanism of Bromodomain-Containing Protein 9 in Human Uterine Leiomyosarcoma

Yang, Q., Bariani, M. V., Falahati, A., Khosh, A., Lastra, R. R., Siblini, H., Boyer, T. G. & Al-Hendy, A., jul 2022, En: Cells. 11, 14, 2160.

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2 Citas (Scopus)

The key to the FANCD2–FANCI lock

Rogers, C. M. & Sung, P., sept 2022, En: Nature Structural and Molecular Biology. 29, 9, p. 848-849 2 p.

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The naked truth: a comprehensive clarification and classification of current ‘myths’ in naked mole-rat biology

Buffenstein, R., Amoroso, V., Andziak, B., Avdieiev, S., Azpurua, J., Barker, A. J., Bennett, N. C., Brieño-Enríquez, M. A., Bronner, G. N., Coen, C., Delaney, M. A., Dengler-Crish, C. M., Edrey, Y. H., Faulkes, C. G., Frankel, D., Friedlander, G., Gibney, P. A., Gorbunova, V., Hine, C., Holmes, M. M., y 48 otrosJarvis, J. U. M., Kawamura, Y., Kutsukake, N., Kenyon, C., Khaled, W. T., Kikusui, T., Kissil, J., Lagestee, S., Larson, J., Lauer, A., Lavrenchenko, L. A., Lee, A., Levitt, J. B., Lewin, G. R., Lewis Hardell, K. N., Lin, T. H. D., Mason, M. J., McCloskey, D., McMahon, M., Miura, K., Mogi, K., Narayan, V., O'Connor, T. P., Okanoya, K., O'Riain, M. J., Park, T. J., Place, N. J., Podshivalova, K., Pamenter, M. E., Pyott, S. J., Reznick, J., Ruby, J. G., Salmon, A. B., Santos-Sacchi, J., Sarko, D. K., Seluanov, A., Shepard, A., Smith, M., Storey, K. B., Tian, X., Vice, E. N., Viltard, M., Watarai, A., Wywial, E., Yamakawa, M., Zemlemerova, E. D., Zions, M. & Smith, E. S. J., feb 2022, En: Biological Reviews. 97, 1, p. 115-140 26 p.

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30 Citas (Scopus)

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