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Yogesh K Gupta

20042026

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  • Structural basis for the mechanism and stability of the EEPD1 5′ endonuclease

    Hromas, R. A., Jaiswal, A. S., Misra, A., Yuan, Y., Zhou, D., Beckman, J. I., Arya, S., Chidambaram, A., Taylor, A. B., Griffith, W., Jaiswal, A., Williamson, E. A. & Gupta, Y. K., Jun 2026, In: Journal of Biological Chemistry. 302, 6, 111432.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

    Open Access

  • Fine-tuning of gene expression through the Mettl3-Mettl14-Dnmt1 axis controls ESC differentiation

    Quarto, G., Li Greci, A., Bizet, M., Penning, A., Primac, I., Murisier, F., Garcia-Martinez, L., Borges, R. L., Gao, Q., Cingaram, P. K. R., Calonne, E., Hassabi, B., Hubert, C., Herpoel, A., Putmans, P., Mies, F., Martin, J., Van der Linden, L., Dube, G. & Kumar, P. & 21 others, Soin, R., Kumar, A., Misra, A., Lan, J., Paque, M., Gupta, Y. K., Blomme, A., Close, P., Estève, P. O., Caine, E. A., Riching, K. M., Gueydan, C., Daniels, D. L., Pradhan, S., Shiekhattar, R., David, Y., Morey, L., Jeschke, J., Deplus, R., Collignon, E. & Fuks, F., Feb 20 2025, In: Cell. 188, 4, p. 998-1018.e26

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

    Open Access
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  • Structural insights into the assembly and regulation of 2′-O RNA methylation by SARS-CoV-2 nsp16/nsp10

    Misra, A., Rahisuddin, R., Parihar, M., Arya, S., Viswanathan, T., Jackson, N., Qi, S., Chan, S. H., Harris, R. S., Martinez-Sobrido, L. & Gupta, Y. K., Jun 5 2025, In: Structure. 33, 6, p. 1027-1039.e4

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

    Open Access
    1   Link opens in a new tab Scopus citations

  • AI is a viable alternative to high throughput screening: a 318-target study

    Wallach, I., Bernard, D., Nguyen, K., Ho, G., Morrison, A., Stecula, A., Rosnik, A., O’Sullivan, A. M., Davtyan, A., Samudio, B., Thomas, B., Worley, B., Butler, B., Laggner, C., Thayer, D., Moharreri, E., Friedland, G., Truong, H., van den Bedem, H. & Ng, H. L. & 667 others, Stafford, K., Sarangapani, K., Giesler, K., Ngo, L., Mysinger, M., Ahmed, M., Anthis, N. J., Henriksen, N., Gniewek, P., Eckert, S., de Oliveira, S., Suterwala, S., PrasadPrasad, S. V. K., Shek, S., Contreras, S., Hare, S., Palazzo, T., O’Brien, T. E., Van Grack, T., Williams, T., Chern, T. R., Kenyon, V., Lee, A. H., Cann, A. B., Bergman, B., Anderson, B. M., Cox, B. D., Warrington, J. M., Sorenson, J. M., Goldenberg, J. M., Young, M. A., DeHaan, N., Pemberton, R. P., Schroedl, S., Abramyan, T. M., Gupta, T., Mysore, V., Presser, A. G., Ferrando, A. A., Andricopulo, A. D., Ghosh, A., Ayachi, A. G., Mushtaq, A., Shaqra, A. M., Toh, A. K. L., Smrcka, A. V., Ciccia, A., de Oliveira, A. S., Sverzhinsky, A., de Sousa, A. M., Agoulnik, A. I., Kushnir, A., Freiberg, A. N., Statsyuk, A. V., Gingras, A. R., Degterev, A., Tomilov, A., Vrielink, A., Garaeva, A. A., Bryant-Friedrich, A., Caflisch, A., Patel, A. K., Rangarajan, A. V., Matheeussen, A., Battistoni, A., Caporali, A., Chini, A., Ilari, A., Mattevi, A., Foote, A. T., Trabocchi, A., Stahl, A., Herr, A. B., Berti, A., Freywald, A., Reidenbach, A. G., Lam, A., Cuddihy, A. R., White, A., Taglialatela, A., Ojha, A. K., Cathcart, A. M., Motyl, A. A. L., Borowska, A., D’Antuono, A., Hirsch, A. K. H., Porcelli, A. M., Minakova, A., Montanaro, A., Müller, A., Fiorillo, A., Virtanen, A., O’Donoghue, A. J., Del Rio Flores, A., Garmendia, A. E., Pineda-Lucena, A., Panganiban, A. T., Samantha, A., Chatterjee, A. K., Haas, A. L., Paparella, A. S., John, A. L. S., Prince, A., ElSheikh, A., Apfel, A. M., Colomba, A., O’Dea, A., Diallo, B. N., Ribeiro, B. M. R. M., Bailey-Elkin, B. A., Edelman, B. L., Liou, B., Perry, B., Chua, B. S. K., Kováts, B., Englinger, B., Balakrishnan, B., Gong, B., Agianian, B., Pressly, B., Salas, B. P. M., Duggan, B. M., Geisbrecht, B. V., Dymock, B. W., Morten, B. C., Hammock, B. D., Mota, B. E. F., Dickinson, B. C., Fraser, C., Lempicki, C., Novina, C. D., Torner, C., Ballatore, C., Bon, C., Chapman, C. J., Partch, C. L., Chaton, C. T., Huang, C., Yang, C. Y., Kahler, C. M., Karan, C., Keller, C., Dieck, C. L., Huimei, C., Liu, C., Peltier, C., Mantri, C. K., Kemet, C. M., Müller, C. E., Weber, C., Zeina, C. M., Muli, C. S., Morisseau, C., Alkan, C., Reglero, C., Loy, C. A., Wilson, C. M., Myhr, C., Arrigoni, C., Paulino, C., Santiago, C., Luo, D., Tumes, D. J., Keedy, D. A., Lawrence, D. A., Chen, D., Manor, D., Trader, D. J., Hildeman, D. A., Drewry, D. H., Dowling, D. J., Hosfield, D. J., Smith, D. M., Moreira, D., Siderovski, D. P., Shum, D., Krist, D. T., Riches, D. W. H., Ferraris, D. M., Anderson, D. H., Coombe, D. R., Welsbie, D. S., Hu, D., Ortiz, D., Alramadhani, D., Zhang, D., Chaudhuri, D., Slotboom, D. J., Ronning, D. R., Lee, D., Dirksen, D., Shoue, D. A., Zochodne, D. W., Krishnamurthy, D., Duncan, D., Glubb, D. M., Gelardi, E. L. M., Hsiao, E. C., Lynn, E. G., Silva, E. B., Aguilera, E., Lenci, E., Abraham, E. T., Lama, E., Mameli, E., Leung, E., Christensen, E. M., Mason, E. R., Petretto, E., Trakhtenberg, E. F., Rubin, E. J., Strauss, E., Thompson, E. W., Cione, E., Lisabeth, E. M., Fan, E., Kroon, E. G., Jo, E., García-Cuesta, E. M., Glukhov, E., Gavathiotis, E., Yu, F., Xiang, F., Leng, F., Wang, F., Ingoglia, F., van den Akker, F., Borriello, F., Vizeacoumar, F. J., Luh, F., Buckner, F. S., Vizeacoumar, F. S., Bdira, F. B., Svensson, F., Rodriguez, G. M., Bognár, G., Lembo, G., Zhang, G., Dempsey, G., Eitzen, G., Mayer, G., Greene, G. L., Garcia, G. A., Lukacs, G. L., Prikler, G., Parico, G. C. G., Colotti, G., De Keulenaer, G., Cortopassi, G., Roti, G., Girolimetti, G., Fiermonte, G., Gasparre, G., Leuzzi, G., Dahal, G., Michlewski, G., Conn, G. L., Stuchbury, G. D., Bowman, G. R., Popowicz, G. M., Veit, G., de Souza, G. E., Akk, G., Caljon, G., Alvarez, G., Rucinski, G., Lee, G., Cildir, G., Li, H., Breton, H. E., Jafar-Nejad, H., Zhou, H., Moore, H. P., Tilford, H., Yuan, H., Shim, H., Wulff, H., Hoppe, H., Chaytow, H., Tam, H. K., Van Remmen, H., Xu, H., Debonsi, H. M., Lieberman, H. B., Jung, H., Fan, H. Y., Feng, H., Zhou, H., Kim, H. J., Greig, I. R., Caliandro, I., Corvo, I., Arozarena, I., Mungrue, I. N., Verhamme, I. M., Qureshi, I. A., Lotsaris, I., Cakir, I., Perry, J. J. P., Kwiatkowski, J., Boorman, J., Ferreira, J., Fries, J., Kratz, J. M., Miner, J., Siqueira-Neto, J. L., Granneman, J. G., Ng, J., Shorter, J., Voss, J. H., Gebauer, J. M., Chuah, J., Mousa, J. J., Maynes, J. T., Evans, J. D., Dickhout, J., MacKeigan, J. P., Jossart, J. N., Zhou, J., Lin, J., Xu, J., Wang, J., Zhu, J., Liao, J., Xu, J., Zhao, J., Lin, J., Lee, J., Reis, J., Stetefeld, J., Bruning, J. B., Bruning, J. B., Coles, J. G., Tanner, J. J., Pascal, J. M., So, J., Pederick, J. L., Costoya, J. A., Rayman, J. B., Maciag, J. J., Nasburg, J. A., Gruber, J. J., Finkelstein, J. M., Watkins, J., Rodríguez-Frade, J. M., Arias, J. A. S., Lasarte, J. J., Oyarzabal, J., Milosavljevic, J., Cools, J., Lescar, J., Bogomolovas, J., Wang, J., Kee, J. M., Liao, J., Sistla, J. C., Abrahão, J. S., Sishtla, K., Francisco, K. R., Hansen, K. B., Molyneaux, K. A., Cunningham, K. A., Martin, K. R., Gadar, K., Ojo, K. K., Wong, K. S., Wentworth, K. L., Lai, K., Lobb, K. A., Hopkins, K. M., Parang, K., Machaca, K., Pham, K., Ghilarducci, K., Sugamori, K. S., McManus, K. J., Musta, K., Faller, K. M. E., Nagamori, K., Mostert, K. J., Korotkov, K. V., Liu, K., Smith, K. S., Sarosiek, K., Rohde, K. H., Kim, K. K., Lee, K. H., Pusztai, L., Lehtiö, L., Haupt, L. M., Cowen, L. E., Byrne, L. J., Su, L., Wert-Lamas, L., Puchades-Carrasco, L., Chen, L., Malkas, L. H., Zhuo, L., Hedstrom, L., Hedstrom, L., Walensky, L. D., Antonelli, L., Iommarini, L., Whitesell, L., Randall, L. M., Fathallah, M. D., Nagai, M. H., Kilkenny, M. L., Ben-Johny, M., Lussier, M. P., Windisch, M. P., Lolicato, M., Lolli, M. L., Vleminckx, M., Caroleo, M. C., Macias, M. J., Valli, M., Barghash, M. M., Mellado, M., Tye, M. A., Wilson, M. A., Hannink, M., Ashton, M. R., Cerna, M. V. C. D., Giorgis, M., Safo, M. K., Maurice, M. S., McDowell, M. A., Pasquali, M., Mehedi, M., Serafim, M. S. M., Soellner, M. B., Alteen, M. G., Champion, M. M., Skorodinsky, M., O’Mara, M. L., Bedi, M., Rizzi, M., Levin, M., Mowat, M., Jackson, M. R., Paige, M., Al-Yozbaki, M., Giardini, M. A., Maksimainen, M. M., De Luise, M., Hussain, M. S., Christodoulides, M., Stec, N., Zelinskaya, N., Van Pelt, N., Merrill, N. M., Singh, N., Kootstra, N. A., Singh, N., Gandhi, N. S., Chan, N. L., Trinh, N. M., Schneider, N. O., Matovic, N., Horstmann, N., Longo, N., Bharambe, N., Rouzbeh, N., Mahmoodi, N., Gumede, N. J., Anastasio, N. C., Khalaf, N. B., Rabal, O., Kandror, O., Escaffre, O., Silvennoinen, O., Bishop, O. T., Iglesias, P., Sobrado, P., Chuong, P., O’Connell, P., Martin-Malpartida, P., Mellor, P., Fish, P. V., Moreira, P. O. L., Zhou, P., Liu, P., Liu, P., Wu, P., Agogo-Mawuli, P., Jones, P. L., Ngoi, P., Toogood, P., Ip, P., von Hundelshausen, P., Lee, P. H., Rowswell-Turner, R. B., Balaña-Fouce, R., Rocha, R. E. O., Guido, R. V. C., Ferreira, R. S., Agrawal, R. K., Harijan, R. K., Ramachandran, R., Verma, R., Singh, R. K., Tiwari, R. K., Mazitschek, R., Koppisetti, R. K., Dame, R. T., Douville, R. N., Austin, R. C., Taylor, R. E., Moore, R. G., Ebright, R. H., Angell, R. M., Yan, R., Kejriwal, R., Batey, R. A., Blelloch, R., Vandenberg, R. J., Hickey, R. J., Kelm, R. J., Lake, R. J., Bradley, R. K., Blumenthal, R. M., Solano, R., Gierse, R. M., Viola, R. E., McCarthy, R. R., Reguera, R. M., Uribe, R. V., do Monte-Neto, R. L., Gorgoglione, R., Cullinane, R. T., Katyal, S., Hossain, S., Phadke, S., Shelburne, S. A., Geden, S. E., Johannsen, S., Wazir, S., Legare, S., Landfear, S. M., Radhakrishnan, S. K., Ammendola, S., Dzhumaev, S., Seo, S. Y., Li, S., Zhou, S., Chu, S., Chauhan, S., Maruta, S., Ashkar, S. R., Shyng, S. L., Conticello, S. G., Buroni, S., Garavaglia, S., White, S. J., Zhu, S., Tsimbalyuk, S., Chadni, S. H., Byun, S. Y., Park, S., Xu, S. Q., Banerjee, S., Zahler, S., Espinoza, S., Gustincich, S., Sainas, S., Celano, S. L., Capuzzi, S. J., Waggoner, S. N., Poirier, S., Olson, S. H., Marx, S. O., Van Doren, S. R., Sarilla, S., Brady-Kalnay, S. M., Dallman, S., Azeem, S. M., Teramoto, T., Mehlman, T., Swart, T., Abaffy, T., Akopian, T., Haikarainen, T., Moreda, T. L., Ikegami, T., Teixeira, T. R., Jayasinghe, T. D., Gillingwater, T. H., Kampourakis, T., Richardson, T. I., Herdendorf, T. J., Kotzé, T. J., O’Meara, T. R., Corson, T. W., Hermle, T., Ogunwa, T. H., Lan, T., Su, T., Banjo, T., O’Mara, T. A., Chou, T., Chou, T. F., Baumann, U., Desai, U. R., Pai, V. P., Thai, V. C., Tandon, V., Banerji, V., Robinson, V. L., Gunasekharan, V., Namasivayam, V., Segers, V. F. M., Maranda, V., Dolce, V., Maltarollo, V. G., Scoffone, V. C., Woods, V. A., Ronchi, V. P., Van Hung Le, V., Clayton, W. B., Lowther, W. T., Houry, W. A., Li, W., Tang, W., Zhang, W., Van Voorhis, W. C., Donaldson, W. A., Hahn, W. C., Kerr, W. G., Gerwick, W. H., Bradshaw, W. J., Foong, W. E., Blanchet, X., Wu, X., Lu, X., Qi, X., Xu, X., Yu, X., Qin, X., Wang, X., Yuan, X., Zhang, X., Zhang, Y. J., Hu, Y., Aldhamen, Y. A., Chen, Y., Li, Y., Sun, Y., Zhu, Y., Gupta, Y. K., Pérez-Pertejo, Y., Li, Y., Tang, Y., He, Y., Tse-Dinh, Y. C., Sidorova, Y. A., Yen, Y., Li, Y., Frangos, Z. J., Chung, Z., Su, Z., Wang, Z., Zhang, Z., Liu, Z., Inde, Z., Artía, Z. & Heifets, A., Dec 2024, In: Scientific reports. 14, 1, 7526.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

    Open Access
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  • Correction to: AI is a viable alternative to high throughput screening: a 318-target study (Scientific Reports, (2024), 14, 1, (7526), 10.1038/s41598-024-54655-z)

    The Atomwise AIMS Program, Dec 2024, In: Scientific reports. 14, 1, 21579.

    Research output: Contribution to journal › Comment/debate › peer-review

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